Мелисса лекарственная более 2000 лет успешно используется в народной и научной медицине многих стран мира. Видовой латинский эпитет officinalis (лекарственный) подчёркивает лечебные свойства растения.

Народные названия - лимонная мята, мяточник, лимонная трава, медовка, роевик, пчельник. За мелиссу лекарственную часто ошибочно принимают другие близкие растения - Котовник кошачий (Nepeta cataria) и Змееголовник молдавский (Dracocephalum moldavica).